Khitan (sunatan) bagi perempuan Muslim menjadi tradisi mungkin di seluruh komunitas di Indonesia. Pada prakteknya ada yang sekedar melukai klitoris dengan jarum (di desa-desa lebih sering pakai kancing peniti), atau memotong sedikit ujung klitoris, atau bahkan sampai memotong bagian labia minora kelamin perempuan. Banyak pendapat berbeda tentang hukum khitan bagi perempuan, dengan sebagian besar Muslim menganggapnya sebagai wajib, seperti halnya sunatan bagi anak laki-laki Muslim.
Praktek ini banyak dikecam, terutama oleh dunia barat, yang mengistilahkannya dengan Female Genital Mutilation (mutilasi alat genital perempuan). Kelompok feminis dan pemerhati hak reproduksi perempuan lebih kalap lagi. Praktek yang secara medis diyakini akan mengurangi kepuasan seksualitas perempuan ini dianggap sebagai tindakan kejam, diskriminasi, dan pengingkaran hak perempuan. Jika anda adalah Muslim dan punya anak perempuan, apakah anda akan mengkhitannya?